한국여성연구소는 80년대 여성운동의 성장과 여성연구의 발전 속에서 탄생되었다.

민중적인 사회운동과 학술운동을 배경으로 80년대 후반 각기 활발한 연구 및 실천활동을 전개해오던 여성사연구회와 아현여성연구실은 여성학술운동의 성장을 목표로 통합하게 된다(1989년). 85년에 창간된 잡지 『여성』( 90년에『여성과 사회』로 제호 변경)을 모태로 출발한 여성사연구회는 당시 사회운동의 주요이념인 마르크스주의의 한계를 발전적으로 지양하고자 시도하여 여성학술 및 운동계의 주목을 받고 있었으며, 아현여성연구실은 한국여성계의 거목인 이효재 교수가 이끄는 여성한국사회연구회에서 소장 연구자들을 중심으로 분화하여 보다 적극적인 실천지향 활동을 추구했던 단체였다.

89년의 통합 이래 여성연구회는 보다 넓어진 여성연구자의 기반을 토대로 적극적인 학술활동을 전개하여왔다. 90년에는 최근까지 16호를 출간한 『여성과 사회』의 창간호를 필두로 시의적인 여성이슈를 이끌어내고 논의를 활성화시키는 등 여성주의의 대중화와 전문화라는 두 가지 과제를 결합시키고자 노력하였다. 또한 2001년부터는 전문학술지 『페미니즘연구』를 발행하여 5호에 이르렀다. 그 외에 주목할 만한 성과로는 여성학 교재의 편찬을 들 수 있다. 사회학, 문학, 사학, 여성학 등 다양한 학문분야를 배경으로 성장한 연구자들의 모임이라는 장점을 십분활용하여 여성학교재 편찬작업을 시도한 것이다.

회원들의 공동작업으로 91년, 99년, 2005년의 세차례에 걸쳐 『여성학강의』,『새여성학강의』그리고 『새여성학강의: 한국사회, 여성, 젠더』를 출간했으며 이들 교재들은 대학의 여성학 학습모임이나 여성단체 회원들의 여성학 공부에서 빠질 수 없는 기본서로 자리잡아왔음을 자부할 수 있다.

90년대를 통해 여성주의의 성장과 함께 여성정책연구, 문화기반 확충의 필요성이 증대하면서 본 연구소는 복지정책, 문화관련 사업 등 다양한 프로젝트에 적극적으로 참여하여 성과물들을 생산해왔으며, 99년 사단법인으로의 변모는 이러한 사업을 활성화시키는 연구소라는 형식적틀을 제공해주었다.

현재 연구소의 많은 회원들이 박사학위를 소지한 전문연구자들이거나 대학의 교수들로 구성되어 있어 각기 전문분야를 바탕으로 공동의 연구와 프로젝트를 진행하면서, 여성주의의 이념과 방향성에 대한 고민을 지속하고 있다.